一千年前，来自其他世界的异域兽入侵了这个世界。人类被迫离开自己的故乡，并在一片远离异域巨兽的平原上建立了这个新纪元的第一座人类城市——克琉斯城。
　　而异域兽来到这个世界之后，人类觉醒出了能够和异域兽抗衡的力量。
　　一千年后，人类依旧在和异域巨兽进行着抗争。但他们很快发现，异域巨兽的入侵只是开始……
　　拉雯尔，一个平民小孩，他的母亲在生下他的时候因为难产而死去。
　　没人知道的是，在拉雯尔体内的，是一个来自地球人的灵魂。
　　霍杰，作为一名怪物猎人玩家，相比于狩猎怪物，他更喜欢在怪物猎人物语里面与怪物并肩作战。在一次讨伐任务中，他因心脏病突发而猝死，灵魂则穿越到了这个陌生的世界。
　　或许是穿越带来的影响，拉雯尔的右手腕背上，有着怪物骑手特有的羁绊石的印记，从印记中流出的血所画出的怪物图腾能够召唤出与图腾相对应的怪物的蛋，并可以和这些怪物缔结羁绊，成为一心同体的朋友。
　　为了能够找到异域兽来到这个世界的真相，拉雯尔决定踏上寻找真相的旅程。当然，他并不是一个人，与他同行的，还有那些与他缔结羁绊的怪物们。